สอนตามหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2544 จัดทำหลักสูตรสถานศึกษาของโรงเรียนปาณยา พัฒนาการ จัดการเรียนรู้ 8 กลุ่มสาระ ได้แก่ คณิตศาสตร์ ภาษาไทย วิทยาศาสตร์ สังคมศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรม ภาษาอังกฤษ ภาษาจีน การงานอาชีพและเทคโนโลยี สุขศึกษา และพลศึกษา ศิลปะ และจัดกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน ได้แก่ กิจกรรมแนะแนว กิจกรรมนักเรียน ลูกเสือ เนตรนารี ชมรม ทัศนศึกษา ในหลักสูตรสามัญมีการเสริมภาษาอังกฤษโดยครูเจ้าของภาษาสัปดาห์ละ 2 ครั้ง จัดการเรียนการสอนแบบบูรณาการใช้นวัตกรรมการสอน Story Line และ Project Approach เปิดโอกาสให้เด็กฝึกปฏิบัติ แก้ไขปัญหา สร้างสรรค์ชิ้นงานของตนเอง จัดกิจกรรมเสริมหลักสูตรต่างๆ ให้กับนักเรียนทุกระดับชั้น

นอกจากนี้ทางโรงเรียนยังได้จัดการเรียนการสอนแบบโครงงาน มีการสอนคอมพิวเตอร์เบื้องต้น โดยจัดการเรียนการสอนให้เป็นแบบ Child Centered เพื่อให้เด็กนักเรียนมีทักษะในการใช้เครื่องมือเทคโนโลยีที่ทันสมัย เพื่อให้สอดคล้องกับสภาพสังคมในปัจจุบันที่เจริญก้าวหน้าอย่างรวดเร็ว ซึ่งการใช้คอมพิวเตอร์จะต้องมาเกี่ยวข้องกับชีวิตประจำวันอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้

โรงเรียนได้รับการรรับรองคุณภาพมาตรฐานการศึกษา จากสำนักงานคณะกรรมการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการ เป็นเวลา 5 ปี ตั้งแต่ปีการศึกษา 2543-2547 และเป็นสมาชิกสมทบของโรงเรียนคาทอลิกในเขตอัครสังฆมณฑลกรุงเทพด้วย